一、表达意思不同
1、缘由：
是指造成某种结果或一件事情发生的原因，也称缘故；造成某种结果或发生的条件。
2、原由：
指缘由，来由。
二、用法不同
1、缘由：
作原因时，侧重于表示通过一个过程后所得出来的原因，常作为宾语。
2、原由：
作原因时，侧重于本来就已存在的理由，常用作动词。
三、出处不同
1、缘由：
出自明代小说家施耐庵的《水浒传》第三十九回，“且与我把解药救醒他来，问个虚实缘由。
”
翻译：
姑且将我把解药拿过来将他救醒，将事情虚假和真实的来由问问清楚。
2、原由：
出自北齐文学家、教育家颜之推的《颜氏家训·勉学》，“凡有一二百件，传相祖述，寻问莫知原由。
”
翻译：
凡是有一两百件，传来相祖述说，询问不知道的原因。
