藻类主要由水中的过剩营养物质所引起。
大多数湖泊和水库由于水体更新缓慢，营养物质（氮、磷和有机物）是过载的，这些过剩营养物质超过了水体的自净能力，同时为藻类生长创造环境。
生物降解技术的微生物在细胞团块中消耗这些过剩营养物质，在竞争中胜过藻类，截断了藻类的有效养分来源。
、物理清除法：
物理清除法是水藻清除中的方法之一，主要从市场上购买专用的毛刷，可在水藻的生长期间用刷子刷掉，一般磁铁刷和鱼缸刷都是很好用的，在此期间还要结合换水进行，否则水质会遭到污染，严重危害鱼儿的生长。
2、化学清除法：
同时也是可以使用一些专门的除藻剂，这样得到的效果会更快。
其优点是对于任何藻类都有效，也可以清除附在里面的水草、沉木等不易清除的藻类，但是对水质会造成一定程度上的污染，所以使用的时候要进行换水。
3、生物清除法：
此外也可以使用一些除藻的动物来控制水藻的生长，这样也是最为安全且有效的方法。
可以用一些笠螺、斑马螺、苹果螺等，其中笠螺的功能强大，能迅速地清除水藻。
