不同的是：
扫描电镜收集的是二次电子也就是电子束反射回来的信息，透射电镜收集的是电子束透过的信息。
透射电镜的分辨率要比扫描电镜大，同时透射电镜还可以检测物质的相结构已经晶型（多晶，单晶），而扫描电镜不可以
透射电镜使用的信号是forwardscatteringelectrons，而扫描电镜使用的是backwardscatteringelectrons。
前者分辨率较后者高，如2010能够达到2.3nm左右，可得到高分辨率图像，观察位错孪晶等，而后者一般用于观察样品表面形貌，由于扫描电镜景深较大，所以图像立体感强。
此外，投射电镜很大一部分时间都花在样品的制备上了，做到几十个微米薄；而相比较扫描电镜样品制备较简单。
