用于人工湿地的填料沸石、石英砂、砾石、活性炭等，这些填料能够为微生物的生长提供稳定的依附表面，除此之外，填料还可以为水生植物提供支持载体和生长所需的营养物质，当这些营养物质通过污水流经人工湿地时，填料通过一些物理、化学途径(如吸附、吸收、过滤、络合反应和离子交换等)净化污水中的氮、磷等营养物质及其他污染物，基质对有机污染物的去除主要体现在对磷的吸附上。
